舰队编组的核心在于合理分配指挥值、明确舰船定位以及优化站位布局。一支舰队最多可容纳300指挥值的舰船，升级至九级基地并解锁相关建筑后可提升至400指挥值。舰船位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排单位，因此前排需配置防御型舰船吸收伤害，中后排则侧重输出或辅助功能。舰船站位由蓝图中的定位决定，无法手动调整，因此编组前需仔细查看每艘舰船的属性和战斗序列。
舰船类型的选择直接影响舰队战斗力，需根据作战目标搭配不同功能的舰船。输出型舰船如卡利斯托级巡洋舰或艾奥级驱逐舰适合作为主力火力，防御型舰船如奇美拉级巡洋舰或FG300装甲护卫舰则用于保护脆弱的输出单位。载机舰船如航母或护航艇需搭配强力的舰载机才能发挥价值，而防空型舰船如光锥级则针对敌方空中单位进行克制。维修舰船如苔原级或卫士级在持久战中能提供续航支持，但需注意其维修效率会随战局升级而降低。
技术值加点和模块改装是提升舰船性能的关键环节。武器系统优先强化暴击、冷却缩减和伤害加成，动力系统则侧重闪避率和机动性。策略类技能如火炮集火或机动规避需消耗大量技术值，但能显著改变战斗节奏。每艘舰船的蓝图有5-7个可改装模块，通过个性化配置可适应不同战场需求，例如为前排单位增加护甲或为中排单位强化火力穿透。
舰队命名和战术欺骗也是不可忽视的细节。为舰队起名不仅能快速识别其功能，还能在PVP中迷惑对手，例如将主力舰队命名为侦查分队以隐藏真实意图。增援指令允许在出征后追加5艘舰船，无视指挥值限制，可灵活补充战损或调整战术。舰队移动速度由最慢的舰船决定，高速编队适合执行偷袭或拆解敌方设施任务，而重型舰队则需提前规划行动路线以避免延误战机。
资源管理和长期规划同样影响舰队编组的可持续性。高级舰船建造消耗大量金属、晶体和重氢，需平衡资源采集与军事扩张的节奏。蓝图研究通过开箱或任务获取，技术值则依赖战斗积累或开箱奖励，因此零氪玩家需更注重资源分配效率。赛季重置机制会导致基地等级和部分资源清零，编组策略应适应阶段性发展目标，例如前期侧重护卫舰速攻，后期转向巡洋舰与战巡的组合。
