要在原神的千门虚舟中找到解谜线索，首先必须明确并完成一个绝对的前提条件，即完整推进神樱大祓系列任务线，具体需要完成该任务在荒海区域的净化仪式。若没有达成这个前置要求，即使你在地图上找到了秘境的大致方位，也会被无形的空气墙阻挡，无法进入相关区域进行后续探索，因此检查自身任务进度是寻找一切线索的第一步。
在确保前置任务完成后，寻找线索的路径便从荒海地下区域开始，你需要在该区域找到并点亮四个雷机关柱子以开启通道，这些柱子分布在荒海的不同位置。进入井底后，关键的线索在于解开两个连续的雷立方机关谜题，第一个机关的解开思路是让五个雷立方的花瓣面朝向同一个方向，此举会使水位初步下降；顺着新出现的水路前进，可以找到第二个同类机关，成功解谜后水位将完全退去，并打开通往更深处的道路。
沿着水位退去后显露的通道持续前进，最终会抵达一个较大的空间，即恒常机关阵列所在房间附近的传送锚点，此时通往千门虚舟秘境的物理路径已经畅通。解锁秘境本体的核心线索位于该房间的上层，你需要从房间内找到藤蔓或特定路径攀爬至顶部平台，在那里会发现两个呈一笔画形式的方块迷阵解密关卡，这是解锁秘境的最后步骤。
面对这两个最终的方块迷阵机关时，具体的解谜线索在于遵循不重复、不遗漏地走完所有格子的规则，并且需要注意其中发光格子的踩踏顺序，通常需要将其留到最后一步激活。当你按顺序成功完成这两个一笔画机关的解密后，作为线索探索的终点，秘境入口的巨石便会炸开，千门虚舟的秘境大门将正式拔地而起，标志着整个寻找和解锁流程的完成。
